Nur knapp 26 Jahre war die Universität in Landshut etabliert. In diesem Zeitraum aber konnte die LMU ein eigenes Profil entwickeln, während an anderen Orten in Bayern die Hochschulen geschlossen oder herabgestuft wurden. Minister Maximilian von Montgelas setzte seine in Ingolstadt begonnene Personalpolitik in Landshut fort und besetzte die Professuren hauptsächlich mit Anhängern der Aufklärung.
An die Theologische Fakultät wurde zum Beispiel Johann Michael Sailer berufen, der zusammen mit Patriz Benedikt Zimmer und Josef Weber das nach deren damaliger Wirkungsstätte, der Universitätsstadt Dillingen, benannte „Dillinger Kleeblatt“ bildete. Ihnen gelang es, der bis dato erstarrten Theologie neue Impulse zu geben. Die Medizinische Fakultät in Landshut erwarb sich den Beinamen „romantische Ärzteschule“, da sie sich nicht nur mit der traditionellen Schulmedizin befasste, sondern auch neuen Ideen nachging. Einer dieser „romantischen Ärzte“ war etwa Andreas Röschlaub, ein Anhänger der Naturphilosophie und Begründer der „Erregungstheorie“.
Daneben entfaltete sich in Landshut ein Hochschulleben, das sich dem damaligen Geist der Romantik verschrieb. Der Kontakt zwischen Studenten und Professoren wurde gepflegt. Verschiedene Kreise von Romantikern trafen sich, so etwa im Haus des Rechtsgelehrten Friedrich Carl von Savigny. Auch das Verbindungsleben blühte, trotz restriktiver staatlicher Gegenmaßnahmen, und fand über Landshut Einzug in die bayerischen Hochschulen.
